Transporte de residuos nao perigosos

Boa tarde amigos, estou com uma duvida em relacao ao CNAE 3811/4-00 (coleta e transporte de residuos nao perigosos), a empresa e enquadrada no simples nacional (Anexo III) e faz a coleta do lixo em um aterro de uma cidade e leva para outro aterro em outra cidade do mesmo estado (MG), a duvida gerada foi se a empresa ira emitir NFS-e (com isso ira ocorrer a retencao do ISS na nota) ou conhecimento de transporte?
Obs: a sede da empresa prestadora de serviço nao e em nenhum dos municipios onde ocorre a coleta e a entrega do residuos.

Agradeco a todos a atencao e ajuda.

Boa tarde, Leandro de Oliveira Paiva!

Deverá emitir o CT-e, pois trata-se de uma operação intermunicipal.

Para a emissão de NFS-e a operação deverá acontecer dentro do município (intramunicipal).