Além da locação do bens esse contrato tem uma prestação de serviço que é a mobilização/desmobilização dos mesmos bens e é tributado pelo ISS, consta na LC 116/2003 como serviços semelhantes elencados na lista anexa, o Município tem competência para fazer tal interpretação extensiva.
Nas licitações, por exemplo, o artigo 59, § único da Lei 8.666/1993 prevê que o ente público, no caso de nulidade do contrato, indenize o contratado por esses serviços de mobilização/desmobilização, é um gasto que o contratado tem com a obra, locação, etc:
"Art. 59. A declaração de nulidade do contrato administrativo opera retroativamente impedindo os efeitos jurídicos que ele, ordinariamente, deveria produzir, além de desconstituir os já produzidos.
Parágrafo único. A nulidade não exonera a Administração do dever de indenizar o contratado pelo que este houver executado até a data em que ela for declarada e por outros prejuízos regularmente comprovados, contanto que não lhe seja imputável, promovendo-se a responsabilidade de quem lhe deu causa".
Portanto, mobilização/desmobilização é um serviço à parte tributado pelo ISS, no seu caso tem a locação e o serviço de mobilização/desmobilização.
Caso vc não quisesse pagar tal serviço ao prestador, então, que tivesse ido buscar os containers e no final da locação desmobilizar e ir deixar no proprietário. Por esse raciocínio vc percebe que é um gasto extra, além da locação.
Cobrança devida e esse serviço consta na LC 116/2003 como transporte municipal, logística e congêneres, etc.
