Nívia Mororo, isso ocorre diariamente, é comum e corriqueiro tais operações, mas são simples, basta compreender a lógica que está por trás!
Como você emite a NF-e com CFOP 5.405 significa que você comprou as mercadorias e o fornecedor foi o responsável pelo ICMS ST. O responsável coloca no valor total da nota fiscal o ICMS retido e como responsável repassa ao Fisco (mas foi vc que arcou com o ICMS, entregou o dinheiro ao fornecedor e ele apenas repassou ao Fisco).
Feito isso, você vende as ditas mercadorias para outro Estado! Pronto, gerou a confusão...
Ora, foi pago o ICMS ST porque se presumiu as vendas internas ao RJ, foi por isso que o RJ tributou, imaginava que as mercadorias fossem revendidas internamente ao Estado do Rio de Janeiro. Ocorre que vc vendeu para outro Estado, então, é lógico que o RJ tem que devolver o dinheiro do ICMS retido (ressarcimento), já que o fato gerador presumido não ocorreu no Rio de Janeiro. As mercadorias não foram revendidas no RJ, logo, o RJ tem que devolver!
2) Como vc vendeu para o outro Estado é uma operação interestadual normal, com destaque do ICMS, (já que não é isenta e o adquirente precisa do crédito fiscal). Vc tem que pagar esse ICMS próprio destacado, mas na prática não paga porque vc compensa com o ressarcimento (lembra, o RJ tem que devolver o ICMS retido). Assim, imagine que vc na operação própria destacou R$ 15,00, mas o ressarcimento é R$ 23,00, logo, vc tem é um crédito (ressacrimento de R$ 8,00).
Portanto, não irá se creditar, mas pedir o ressarcimento e quando o Estado do RJ conceder, irá retirar o ICMS da obrigação própria e lhe devolver o resto.
3) Na prática, então, ocorrendo operação interestadual com mercadoria cujo imposto já tenha sido pago por substituição tributária, a nota fiscal emitida quando da saída deverá conter o ICMS normal da operação, destacado, calculado pela aplicação da alíquota cabível, sobre o valor real da operação, exclusivamente para efeito de crédito do adquirente e o imposto retido, quando for o caso (exclusivamente para efeito de crédito do adquirente porque você irá pagar esse ICMS com o dinheiro do ressarcimento).
Obs. Como foi vc que arcou com o ICMS ST, então, é você que faz jus ao ressarcimento, art. 166 do CTN.