Em tese voce deveria ter um bordero do total das vendas, e com base nesse total emitiria a NFs,  que seria a base dos mesmos, porem tem que ter cuidado , pois nesse total estao os custos e o ISS devera incidir somente sobre o que seria o Lucro (serviço), sugiro estabelecer um criterio percentual, mas que tenha elementos comprobatorios etc dos custos, aluguel do espaço, cache pago a profissionais. etc.  Fzer a dedeuçao e oferecer a ributaçao somente o que for ganho da empresa. Espero que alguem do forum possa te ajudar melhor, eu fiz assim uma unica vez mas faz muito tempo. Minha intençao e de ajudar, mesmo que pouco, para voce ja ter um parametro a seguir.
Sds. Ribeiro					
				 
				
					Manoel  LUIZ RIBEIRO SILVA.
Contabilidade Ribeiro Ltda.
Bacharel em Ciências Contábeis e em Administração 
Consultor,Palestrante,Articulista 
https://www.orgribeiro.com.brContador Atuante - Autor de Artigos e norma Orientativas a seus cliente.
Amigo do Bem -  Veritas Lux Mea