Recolhimento de ISS e INSS em duplicidade pelo tomador.

Prezados amigos, bom dia!

Estou com algumas dúvidas sobre restituição de valores em duplicidade recolhidos pelo tomador.

A empresa onde trabalho efetuou a retenção na fonte referente ao ISS e INSS de um prestador de serviços, porém pagou as guias em duplicidade. Em relação à estas compensações quem deve solicitar o crédito? O tomador ou prestador do serviço? E em relação ao ISS do RJ alguém sabe me indicar o procedimento neste caso, tendo em vista que a empresa que trabalho não recolhe ISS e portanto não teria como ela compensar esse tributo?

Desde já fica o meu agradecimento.

Atenciosamente;
Leonardo.