Luciana,
Você deve observar a legislação do município onde está sendo prestado o serviço. Geralmente através de lei complementar os municípios acabam estabelecendo a responsabilidade de retenção do ISS por parte dos tomadores dos serviços. Fique atenta pois o município poderá estabelecer até mesmo alíquotas diferentes (maior ou menor) para esse imposto, maior ou menor do que a alíquota do município onde o prestador do serviço possui sua sede.
Desta forma, você fará a referida retenção e destaque do imposto na nota fiscal de prestação de serviços, conforme determinar a legislação municipal do local onde o serviço está sendo prestado.