O calculo do ICMS Substituição tributaria, somente é realizado, quando se pressupoe a realização de uma operação subsequente, o que não ocorre na venda direta ao consumidor final, não se aplicando assim, no meu entendimento o cálculo e recolhimento do icms por substituição tributaria.
Porém, temos hoje a incerteza quanto a correta tributação do Medicamento Manipulado, pois ja existe decisões do Superior Tribunal de Justiça, enquadrando a Manipulação em serviços farmaceuticos, Lei complementar 116/2003. E assim sendo, a tributação é pelo ISSQN e não pelo ICMS.