estoque

Boa tarde,
temos um cliente que é uma clinica veterinária. Na internação de um animal, eles fazem a nota de prestação de serviços no total, incluindo os medicamentos que foram usados.
Ex.: 300,00 - internação
150,00 - medicamentos
450,00 - total
A nota de serviço é emitida no valor de R$ 450,00. Segundo disseram é que o conselho não permite emitir nota fiscal de venda dos medicamentos que foram utilizados na internação, pois é proibido a comercialização dos mesmos.
Gostaria de confirmar como baixar esses medicamentos no estoque. Talvez seria o caso de emitir uma nota de saída de material para aplic. em serviços prestados, só para baixar o estoque?