Apresente essa nota fiscal ao Fisco de São Paulo, pois o artigo 270, II, RICMS/SP diz que deverá ser visada pelo Fisco:
"II - Nota Fiscal de Ressarcimento: quando a mercadoria tiver sido recebida diretamente do estabelecimento do sujeito passivo por substituição, mediante emissão de documento fiscal, que deverá ser previamente visado pela repartição fiscal, indicando como destinatário o referido estabelecimento e como valor da operação aquele a ser ressarcido;
...".
Quando revender novamente a esse cliente e como está de posse da nota fiscal em ressarcimento, poderá deduzir, do próximo recolhimento ao Estado de São Paulo, a importância correspondente ao imposto ressarcido.
Imagine que esse ressarcimento é R$ 500,00, então, quando revender novamente para esse cliente e o ICMS a ser retido (como substituto) for R$ 700,00, somente irá reter a favor de São Paulo R$ 200,00, pois R$ 500,00 deverá ser ressarcido ao cliente comprador (substituído).