Apuração dos impostos durante opção pelo Simples

Olá amigos do fórum, vamos nós a mais uma dúvida.

Tenho casos no meu escritório em que a empresa está em processo de abertura e faz a opção pelo regime do Simples Nacional, porém neste meio tempo surgem exigências, por exemplo com vigilância sanitária, e a empresa leva algum tempo para fazer o acerto no local, assim demorando, em alguns casos, mais de um mês para conseguir o enquadramento no Simples.

Nesse meio tempo meu cliente precisa emitir notas e consequentemente nós da contabilidade precisamos calcular as guias dos impostos. Enquanto não é liberado o enquadramento do Simples devo recolher pelo regime do Lucro Presumido? Quando sair o enquadramento ele será retroativo, como fica se já tiver sido recolhido os impostos por outro regime de apuração?

Bom dia meu amigo!

Você poderá fazer o recolhimento pelo Simples Nacional, assim que você for calcular a guia o próprio portal vai te informar que a empresa não é optante pelo Simples Nacional, e te dará alguns campos para serem preenchidos, você preenche esses campos e emite a guia.
Mas se a empresa não for enquadrada, ai sim você terá que fazer as guias no lucro presumido.