Pelo que entendi a transporadora prestou um serviço e extraviou mercadorias do tomador do serviço. A transportadora então pagou pelas mercadorias, se responsabilizou e indenizou o cliente. O cliente, por sua vez, emitiu a NF-e como destinatário a transportadora no Rio de Janeiro (até mesmo para justificar a saída do dinheiro no setor financeiro).
A pergunta, então, é: como tem uma NF-e destinada ao Rio de Janeiro tem ICMS DIFAL?
Pronto, foi esse o seu questionamento, pelo que entendi!
Então, faço outro questionamento: houve o fato gerador do ICMS DIFAL?
A resposta é não porque não houve entrada no estabelecimento transportador do bem!
De acordo com o art. 3º, inciso VI da Lei nº 2657/96 e art. 3º, inciso VI, Livro I do Regulamento do ICMS-RJ (Decreto nº 27427/2000), ocorre o fato gerador do imposto na entrada no estabelecimento do contribuinte de mercadoria proveniente de outra unidade da federação, destinada a consumo ou ativo permanente.
Portanto, entendo que não se fala em DIFAL, pois não ocorreu o Fato Gerador que é a entrada do bem no estabelecimento transportador.