Boa tarde!
Para garantir eu entraria em contato com o fornecedor de seu cliente e faria um questionamento do porquê de duas notas e uma delas com o CFOP 6929. Nessas situações eu mesmo costumo entrar em contato com o fornecedor do cliente ou até mesmo enviar um e-mail questionando.
Por exemplo...Teve uma situação aqui de uma grande rede franquia de Óticas (com mais de 1300 lojas no Brasil) e a emissão das notas sempre ocorriam por SP. E nas operações internas (SE para SE) com o CFOP 5124 eles estavam destacando o ICMS, indevidamente, sendo que a operação é contemplada por Diferimento.
Indiretamente meu cliente estava suportando o ônus do ICMS, pois com certeza eles incluiam no markup o valor do ICMS que deveria ser diferido...
As vezes precisamos ir além de orientar nossos clientes e orientar também os fornecedores dos clientes...
Sds,