Responsabilidade tributária

Trabalho em uma empresa que administra condomínios, um de nossos condomínios passa por auditoria, e o questionamento levantado é que foi pago a retenção referente a uma Nota Fiscal de serviço mas não tem o comprovante uma vez que o pagamento foi realizado pelo prestador.

Gostaria de saber sobre a responsabilidade de comprovação do pagamento das retenções de PIS/COFINS/CSLL, mesmo que o prestador não tenha realizado a retenção na Nota Fiscal e o tomador fez o pagamento bruto da Nota Fiscal.