Como o emitente está com inscrição baixada no cadastro do Estado, então, os documentos fiscais não têm mais validade jurídica (são inidôneos), devem ser entregues à repartição fiscal.
Nesses casos, solicita-se nota fiscal avulsa.
Não, não tem incidência de ISS (súmula vinculante 31 - STF), tampouco incidência de ICMS!
Os Estados não exigem ICMS sobre locação, muitos Estados colocam isso expressamente nos RICMS (Ceará coloca expressamente como não incidência).
No seu Estado, Rio Grande do Sul, encontrei uma menção no artigo 28, I, 'c2' (livro I, título III), que não se paga o ICMS nas locações:
"Art. 28 - A Nota Fiscal será emitida:
I - nas hipóteses previstas no art. 25:
...
c) antes da tradição real ou simbólica das mercadorias:
...
2 - nos casos de ulterior transmissão de propriedade de mercadorias que, tendo transitado pelo estabelecimento do transmitente, deste tenham saído sem o pagamento do imposto, em decorrência de locação ou de remessa para armazém-geral ou depósito fechado;
...".