ICMS sobre serviços de transporte intermunicipal

Boa tarde!

Gostaria de saber qual o procedimento correto a ser adotado por uma empresa que vende uma mercadoria e cobra o frete do cliente.
A empresa para qual eu trabalho, adquiriu mercadoria de uma empesa situada em outro município, a empresa cobrou o frete, no entanto, destacou o valor do serviço apenas na nota fiscal e não em um conhecimento de frete.
Abaixo segue os valores constantes na nota fiscal:

Valor total dos produtos: R$ 4.499,53
Base de cálculo ICMS: R$ 2.949,55
Valor ICMS: R$ 501,42
Valor IPI: R$ 250,72
Valor do frete: R$ 515,00

Valor total da NF: R$ 5.265,25

Desde já agradeço.

Não se fala em emissão de CT-e quando o transporte for realizado pelo próprio vendedor remetente. Se esse é o caso, o procedimento está correto.

Em se tratando de transporte realizado por terceiros, aí sim, caberia a emissão do CT-e para acobertar o serviço de frete