Boa tarde Maria Isabel,
Não trabalho com transportadora, porém com relação ao seu questionamento, o § 6º, art. 214 do RICMS/SP permite que você faça os registros de entradas mensal por totalização das operações, e não por documento fiscal como é feito normalmente, desde que você tenha feito a opção por não tomar créditos destas operações.
Artigo 214 - O livro Registro de Entradas, modelo 1 ou 1-A, destina-se à escrituração da entrada, a qualquer título, de mercadoria no estabelecimento ou de serviço por este tomado (Lei 6.374/89, art. 67, § 1º, e Convênio de 15-12-70 - SINIEF, art. 70, com alteração dos Ajustes SINIEF-1/80, cláusula segunda, SINIEF-1/82, cláusula primeira, SINIEF-16/89, cláusula primeira, V, SINIEF-3/94, cláusula primeira, XIII, e SINIEF-6/95, cláusula primeira, I).
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§ 6º - O estabelecimento prestador de serviço de transporte que optar por redução da tributação, condicionada ao não-aproveitamento de créditos fiscais, poderá escriturar os documentos correspondentes à aquisição de mercadorias ou aos serviços tomados, totalizando-os segundo a natureza da operação ou prestação e a alíquota aplicada, para efeito de lançamento global no último dia do período de apuração.