Sem entrar no mérito da legislação do seu Estado, mas analisando pelo lado que o ICMS é não cumulativo a apropriação do crédito fiscal é devida!
Você é uma indústria de lubrificantes e esse produto será tributado na saída (ou ST ou não), então, pela não-cumulatividade faz jus ao créditos fiscais da entrada na indústria (de produtos e serviços de transporte).
No caso do frete, caso seja a tomadora do serviço, ou seja, aquela que pagou o serviço de transporte, então é você que se apropria do crédito fiscal destacado no CT-e. Tem crédito fiscal não apenas do serviço de transporte, mas também dos insumos (mercadorias).
2) Quanto ao frete das saídas dos lubrificantes (mesmo que seja ST no Paraná), ou seja, quando produz os lubrificantes e contrata uma transportadora para ir deixar no cliente comprador (cláusula CIF), faz jus ao crédito fiscal. Esse serviço de transporte faz parte da BC da ST, logo, deverá deduzir o crédito fiscal desse mesmo crédito fiscal. É a não cumulatividade do ICMS!
Entendo dessa forma!