Leisi, bom dia.
É assim...
Não é que tenha mudado, apenas foi incluso a opção de emitir o CT-e de "anulação" e "substituição" nos casos de erro no tomador do serviço no CT-e original, pois antes, o ct-e de "substituição" era emitido somente em casos que o valor do serviço de transporte fosse registrado a maior.
Atualmente quando o CT-e for emitido com valor a maior ou com erro no tomador do serviço o procedimento a ser adotado deverá ser o seguinte:
1 - CT-e emitido com valor a maior
a.1) Se o tomador for contribuinte do ICMS, ele deverá emitir uma NF-e de anulação de serviço de transporte referenciando o CT-e emitido com erro e destacar o valor do imposto; e
b.1) Após receber a NF-e de anulação referenciada anteriormente, o transportador deverá emitir um CT-e substituto, referenciando o CT-e emitido com erro e consignando a expressão "Este documento substitui o CT-e número____, emitido no dia___de________de 20xx, em virtude de (especificar o motivo do erro)".
Observação 01: Se o tomador do serviço emitir a NF-e de anulação sem o destaque do imposto (por motivos Legais - Estadual), a transportadora, antes de emitir o CT-e de "substituição" deverá emitir um CT-e de "anulação" para cada conhecimento emitido com erro.
Esta mesma observação serve para os caos em que o tomador do serviço não seja contribuinte do ICMS.
1 - CT-e emitido com tomador errado
a.2) O tomador indicado no CT-e original deverá registrar o evento - "Prestação de serviço em desacordo com o informado no CT-e, manifestação do tomador de serviço declarando que a prestação descrita do CT-e não foi descrita conforme acordado";
b.2) Após o registro do evento citado anteriormente, o transportador deverá emitir um CT-e de anulação para cada CT-e emitido com erro, referenciando os mesmos valores totais do serviço e do tributo, consignando como natureza da operação "Anulação de valor relativo à prestação de serviço de transporte", informando o número do CT-e emitido com erro e o motivo; e
c.2) Em seguida, o transportador deverá emitir um CT-e substituto, referenciando o CT-e emitido com erro e consignando a expressão "Este documento substitui o CT-e número___ emitido no dia___ de _____ de 20xx, em virtude de tomador informado erroneamente".
Observação 02: O tomador do serviço do CT-e de substituição poderá ser diverso do consignado no CT-e original, desde que o estabelecimento tenha sido referenciado anteriormente como remetente, destinatário, expedidor, recebedor ou pertencente a uma destas empresas.
Observação 03: O transportador poderá utilizar-se do eventual crédito decorrente deste procedimento somente após a emissão do CT-e substituto, observada a legislação de cada unidade federada.