ISS de Autônomo em Goiânia

Boa tarde pessoal, gostaria de tirar uma duvida, peguei um caso de uma prestadora de serviço autônoma, cuja atividade é fonoaudiologia, e a mesma possui a inscrição na prefeitura de Goiânia. A empresa onde ela presta o serviço faz o recolhimento do iss pra ela, porem na rest da empresa aparece o lançamento dessa prestadora com base de calculo e com valor do ISS zerado, essa empresa esta pagando o desse serviço como substituição mesmo?
Outro detalhe ela ta com uma divida na prefeitura por não esta fazendo os pagamento mensal, mais uma multa de R$ 20000,00.