Você disse que o tomador era não contribuinte: "Alguém sabe informar se quem não é contribuinte do ICMS (tomador) pode ou...".
Assim, como o tomador não é contribuinte ele faz uma declaração como informado no artigo citado acima do RICMS/BA (Art. 131, §11, II):
Art. 131. Do resultado da análise referida no art. 130, a Secretaria da Fazendacientificará o emitente:
...
§ 11. Para a anulação de valores relativos à prestação de serviço de transporte de cargas, em virtude de erro devidamente comprovado, e desde que não descaracterize a prestação, deverá ser observado:
...
II - na hipótese de tomador de serviço não ser contribuinte do ICMS:
a) o tomador deverá EMITIR DECLARAÇÃO mencionando o número e data de emissão do CT-e emitido com erro, bem como o motivo do erro, podendo consolidar as informações de um mesmo período de apuração em uma ou mais declarações;
b) após receber o documento referido na alínea “a”, o transportador deverá emitir um CT-e de anulação para cada CT-e emitido com erro, referenciando-o, adotando os mesmos valores totais do serviço e do tributo, consignando como natureza da operação “Anulação de valor relativo à prestação de serviço de transporte”, informando o número do CT-e emitido com erro e o motivo;
c) após emitir o documento referido na alínea “b”, o transportador deverá emitir um CT-e substituto, referenciando o CT-e emitido com erro e consignando a expressão “Este documento substitui o CT-e número e data em virtude de (especificar o motivo do erro)”.