Pagar diferença de ICMS

Tive um grande problema com uma empresa que deixou de ser SIMPLES NACIONAL em Março 2017 e passou a ser LUCRO PRESUMIDO, mas continuou recolhendo os tributos pelo SIMPLES até Agosto 2017. Alguém pode me dizer como faço para recolher a diferença do ICMS? Ele está precisando de uma certidão negativa, e não consegue emitir porque foi passada a GIA com o valor que ele deveria ter pago.

Agradeço
Att

Como ele conseguiu pagar os tributos como simples, se estava desenquadrado?

Não sei, só sei que ele tem todas as guias, de março a agosto, com comprovante de pagamento, e a exclusão do simples está marcada 28/02/2017.
Vou ter que arrumar todos os impostos, mas preciso começar pelo ICMS.
É uma empresa de serviço de transporte de passageiro.