CTE 3.0 para notas fiscais triangulares

Boa tarde Pessoal
estou com duvida referente a atualização do CTE para 3.0 , fazemos aqui na empresa a operação triangular (armazém geral) .
a mercadoria é enviada pela indústria com o cfop 6905 remessa para deposito fechado. (esta mercadoria é transportada pela indústria que não tem Cnae de transporte portanto só emite o MDF-e.)
o armazém por si contrata uma transportadora para distribuir as mercadorias.

o armazém emite a nota de remessa com cfop 6923 tributada ICMS.

a indústria emite a nota venda com cfop 6105 sem tributação de ICMS, ambas notas precisam circular juntas.

a duvida:
na versão anterior do cte incluiríamos todas notas no CTE tanto a de remessa quanto a de venda, validava e transmitia normal;

porem na nova versão não é possível colocar todas estas notas,
como faço :
faço um cte para notas de remessa e outro para as notas de vendas?
ou apenas um cte mas com quais notas?