Quando uma empresa adquire materiais para uso/consumo em outro Estado a responsabilidade pelo DIFAL é do destinatário, conforme determina o artigo 155, §2º, VIII, 'a', CF/88 (ver abaixo), assim, a quitação do ICMS deveria ser no documento de arrecadação do Estado destinatário (mas não GNRE). Uma observação importante é que dependendo dos Estados, por exemplo, o Ceará, caso o destinatário tenha apuração regular (regime de recolhimento NORMAL) o pagamento desse DIFAL será na conta gráfica e não necessariamente quando receber as mercadorias do outro Estado.
"VIII - a responsabilidade pelo recolhimento do imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual de que trata o inciso VII será atribuída:
a) ao destinatário, quando este for contribuinte do imposto;
...".
2) A questão do registro (Ato Cotepe 09/2008) deverá ser observado as regras do seu Estado, no caso, a NORMA DE PROCEDIMENTO FISCAL N. 112/2008. O registro E111 trata dos ajustes de apuração da tabela 5.1.1 do Ato Cotepe nº/ICMS 09/08, enquanto o registro E113 identifica os documentos fiscais relacionados ao ajuste do registro E111.
Seja como for, verifique a NORMA DE PROCEDIMENTO FISCAL N. 112/2008 expedida pela Fazenda do Paraná.