Cadastral

Bom dia!

Tenho uma empresa que abri em agosto de 2016, porém quando foi aberto o CNPJ já tinha passado o prazo de 180 dias, não consegui enquadrar no simples e caiu no lucro presumido.
Estou tentando mudar de regime, porém tenho que corrigir na prefeitura, o qual essa empresa aparece como simples nacional, assim tenho que mudar o cadastro.
O que ocorre é que em fevereiro foi o único mês que movimentei a empresa e depois permaneceu inativa novamente.
Porém, abri uma ME com o meu CPF e emiti nota de março até novembro, ou seja, outro CNPJ, porque como lucro presumido não compensava.
fui na prefeitura e pediram para fazer a escrituração da primeira empresa pelo portal do gissonline e fiz.

porém quando tento entrar na Me que é a segunda, mesmo com o código e a senha sou remetido sempre para o primeiro CNPJ.

Será que a prefeitura entende que é uma só?

Grato.

Marcos Aurélio;