Como receber quando se administra o financeiro de um projeto

Bom dia.
É a primeira vez que participo aqui.

Trabalho no administrativo de uma empresa.

A empresa foi contratada para organizar e gerenciar o financeiro de um congresso.
Abriu uma conta para o projeto, com o CNPJ da empresa.
O congresso foi pago por patrocínios, finaciamento de agencias públicas e inscrições dos participantes.
O contrato para realização do trabalho foi firmado entre a empresa e por duas pessoas físicas, funcionários públicos que não poderiam fazer o gerenciamento do congresso.

Agora ficou a dúvida. Como o congresso usou o CNPJ da empresa para todos os serviços contratados, queremos saber como receber o pagamento de nossa parte, visto que nós pagaremos nós mesmo.

Segundo o contador, precisaríamos emitir nota. Mas para quem? Não podemos emitir nota para nós mesmo. E não podemos emitir nota para os contratantes, visto que o pagamento não foi feito por eles.

Desculpe, mas não sou especialista no assunto.

Obrigado.