Fábio, não existe isso de indústria parceira e venda interna!
Os produtos são de propriedade do estabelecimento de São Paulo, não existe venda interna no Rio de Janeiro, pois quem deverá vender é o o proprietário em São Paulo, portanto, uma operação interestadual. Com essa venda interestadual entre SP e RJ tem ICMS ST a favor do RJ, Protocolo ICMS nº 11/91.
2) Conforme cláusula décima primeira do Protocolo 11/91 os signatários adotarão ST nas operações internas:
"Cláusula décima primeira As unidades da Federação signatárias adotarão o regime de substituição tributária também nas operações internas com as mercadorias de que trata este protocolo, observados os mesmos percentuais e prazo de recolhimento do imposto retido".
Assim, caso seja no Rio de Janeiro um responsável pelo pagamento do ICMS ST, como disposto na cláusula segunda do Protocolo 11/91, São Paulo quando vender para Vc no RJ se absterá da retenção pois vc ficará como responsável quando vender internamente no RJ, veja cláusula segunda, II, Protocolo 11/91:
"Cláusula segunda O regime de que trata este protocolo não se aplica:
I - à transferência da mercadoria entre estabelecimentos da empresa industrial, importadora, arrematante ou engarrafadora;
II - às operações entre sujeitos passivos por substituição, industrial, importador, arrematante ou engarrafador.
Parágrafo único. Na hipótese desta cláusula, a substituição tributária caberá ao estabelecimento destinatário que promover a saída da mercadoria para estabelecimento de pessoa diversa".
Obs. Contudo, disse que SP apenas manda industrializar no seu estabelecimento, ou seja, não está adquirindo o produto. O produto continua sendo do estabelecimento em SP, portanto, deverá ocorrer uma venda de SP para o RJ. O fornecedor deverá reter o ICMS a favor do RJ como dito no início.