O artigo 91, I, Resolução 94/2011 diz que as atividades do MEI estão no anexo III da mesma Resolução. De fato, lá diz que o MEI pode prestar serviço de transporte (exceto cargas perigosas, tipo combustíveis, por exemplo).
A mesma Resolução no artigo 97, §1º, diz também que o MEI está dispensado de emitir documentos fiscais eletrônicos, assim, não tem que falar em CT-e (transporte intermunicipal) ou NFS-e (transporte intramunicipal).
Emite-se apenas se o seu Município ou seu Estado permitir o uso de tais documentos!