Bom dia.
Referente ao seu questionamento:
1) Existe uma guia especial para recolhimento ST?
Sim, existe uma GUIA denominada GNRE, ela pode ser emitida através deste link, http://www.gnre.pe.gov.br/gnre/portal/GNRE_Principal.jsp
2) Como posso verificar e se esta correto essa operação.
A legislação pertinente ao ICMS ST, correspondente ao seguimento automotivo é o Protocolo ICMS nº 47 de 21 de Dezembro de 2017, combinado com o Convênio ICMS nº 52 de 07 de Abril de 2017.
Obs: No entanto, as empresas denominadas MEI, não são consideradas Contribuintes Substitutos do ICMS, portanto, a operação em questão não está sujeita ao ICMS ST, conforme dispõe a RESOLUÇÃO CGSN Nº 94, DE 29 DE NOVEMBRO DE 2011, artigo 94, inciso V - o qual reproduzo a seguir:
Art. 94. Na vigência da opção pelo SIMEI não se aplicam ao MEI:
V - atribuições da qualidade de substituto tributário. (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 18-A, § 14)
Espero ter ajudado.