Emissão de NF p/acompanhamento de mercadoria física

Prezados, boa tarde!

Estou com a seguinte situação:

Alugamos estruturas e no cancelamento damos o retorno da mesma. Acontece que tiveram alguns clientes que ao dar retorno em todas as peças, algumas não voltaram fisicamente, foram armazenadas em um galpão de um parceiro do cliente.

Acontece que ao emitir a NF de retorno na data de cancelamento, foi dado retorno da estrutura completa, com todos os ítens.

Porém agora em que alguns desses ítens que estavam armazenados estão de fato retornando, foi emitida uma NF de acompanhamento de mercadoria.

O que fazer neste caso? Como fica minha escrituração?

O procedimento de emitir nota de retorno do físico apenas para acompanhamento está correto, pois houve de fato a circulação da mercadoria. Você deve dar entrada nas notas que foram a mais sem realmente constar e entrar com notas fiscais com a quantidade a menor para coincidir em quantidades com estas que circularam.