MDF-e CT-E Dúvidas

Boa noite, estou com um problema que eu não consigo compreender.

Tenho um cliente que vai no estado de SP fazer compras no seu caminhão próprio. Esse caminhão estar no nome da empresa dele. Quando ele vai em SP e volta para o RJ ele precisa manifestar as notas de compra e gerar o MDF-e. Porém ele tem uma outra empresa e também faz compras no nome dessa empresa quando vai para SP, essa empresa não e filial. Eu posso incluir dentro desse MDF-e as notas fiscais dessa outra empresa, ou esse cliente se enquadra como uma transportadora e teria que tirar um CT-e. No caso as notas não tem cobrança de frete.

Quando você transporta as mercadorias dessas outras empresas está prestando um serviço de transporte para elas, está agindo como um prestador de serviço autônomo. Entendo que deverá pagar o ICMS frete para o Estado onde está iniciando a prestação de sreviço, no caso, São Paulo.
Obs. O Estado de São Paulo não quer saber se você cobra ou não o valor do serviço, o que importa é a caracterização do serviço, ou seja, um empresa transportando a carga de um outra empresa.

Assim, como vc é um autônomo, conforme cláusula terceira, II, §7º, a obrigatoriedade da emissão do MDF-e é do destinatário da nota fiscal (caso ele seja emitente também de NF-e):

"Cláusula terceira O MDF-e deverá ser emitido:
...
II - pelo contribuinte emitente de NF-e de que trata o Ajuste SINIEF 07/05, de 30 de setembro de 2005, no transporte de bens ou mercadorias realizado em veículos próprios ou arrendados, ou mediante contratação de transportador autônomo de cargas.
...
§ 7º Na hipótese estabelecida no inciso II desta Cláusula, a obrigatoriedade de emissão do MDF-e é do destinatário quando ele é o responsável pelo transporte e está credenciado a emitir NF-e.
...".

Obs. 2) Como o destinatário é o responsável pelo transporte, a obrigatoriedade do MDF-e sai do emitente da NF-e e passa para o destinatário.