Quem está vendendo para Santa Catarina é a empresa B, é ela que tem que destacar 12%. A emissão da NF-e é uma receita de venda, proceda conforme art. 40, §3º, '21, Convênio SN 1970:
Art. 40. Nas vendas à ordem ou para entrega futura, poderá ser exigida a emissão da Nota Fiscal, para simples faturamento, com lançamento do Imposto sobre Produtos Industrializados nos termos de legislação específica, vedado o destaque do Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Prestação de Serviços de Transporte Interestadual, Intermunicipal e de Comunicação - ICMS.
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§ 3º No caso de venda à ordem, por ocasião da entrega global ou parcial das mercadorias a terceiros, deverá ser emitida Nota Fiscal:
1. pelo adquirente originário: com destaque do Imposto sobre Circulação de Mercadorias, quando devido, em nome do destinatário das mercadorias, consignando-se, além dos requisitos exigidos, nome do titular, endereço e números de inscrição, estadual e no CGC, do estabelecimento que irá promover a remessa das mercadorias;
2. pelo vendedor remetente:
a) em nome do destinatário, para acompanhar o transporte das mercadorias, sem destaque do valor do Imposto sobre Circulação de Mercadorias, na qual, além dos requisitos exigidos, constarão como natureza da operação, “Remessa por Conta e Ordem de Terceiros”, número, série e subsérie e data da Nota Fiscal de que trata o item anterior, bem como o nome, endereço e números de inscrição, estadual e no CGC, do seu emitente;
b) em nome do adquirente originário, com destaque do Imposto sobre Circulação de Mercadorias, quando devido, na qual, além dos requisitos exigidos, constarão, como natureza da operação “Remessa Simbólica - Venda à Ordem”, número, série e subsérie da Nota Fiscal prevista na alínea anterior.
Obs. Na NF-e do adquirente em SP coloque o CFOP 6.118 e na NF-e para entrega em SC coloque o CFOP 6.923.