Olá,
Para vc anular esse conhecimento de transporte, vc deve adotar os procedimento do artigo 247 que transcrevo a baixo.
ÍTULO II
DAS OBRIGAÇÕES TRIBUTÁRIAS ACESSÓRIAS
Subseção I
Das Disposições Específicas aos Documentos Fiscais Relativos à Prestação de Serviço de Transporte
Art. 247. Para a anulação de valores relativos à prestação de serviço de transporte de cargas, em virtude de erro devidamente comprovado, e desde que não descaracterize a prestação, deverá ser observado (Ajuste SINIEF 02/2008):
I - na hipótese de o tomador de serviço ser contribuinte do ICMS:
a) o tomador deverá emitir documento fiscal próprio, pelo valor total do serviço, sem destaque do imposto, consignando como natureza da operação "Anulação de valor relativo à aquisição de serviço de transporte", informando o número do documento fiscal emitido com erro, os valores anulados e o motivo da anulação, devendo a primeira via do documento ser enviada ao prestador de serviço de transporte;
b) após receber o documento referido na alínea "a", o prestador de serviço de transporte deverá emitir outro Conhecimento de Transporte, citando o original emitido com erro, consignando a expressão "Este documento está vinculado ao documento fiscal número ... e data ... em virtude de (especificar o motivo do erro)";
II - na hipótese de o tomador de serviço não ser contribuinte do ICMS:
a) o tomador deverá emitir declaração mencionando o número e data de emissão do documento fiscal original, bem como o motivo do erro;
b) após receber o documento referido na alínea "a", o prestador de serviço de transporte deverá emitir Conhecimento de Transporte, pelo valor total do serviço, sem destaque do imposto, consignando como natureza da operação "Anulação de valor relativo à prestação de serviço de transporte", informando o número do documento fiscal emitido com erro e o motivo;
c) o prestador de serviço de transporte deverá emitir outro Conhecimento de Transporte, citando o original emitido com erro, consignando a expressão "Este documento está vinculado ao documento fiscal número ... e data ... em virtude de (especificar o motivo do erro)".
§ 1° O prestador de serviço de transporte e o tomador deverão estornar eventual débito ou crédito relativo ao documento fiscal emitido com erro.
§ 2° Não se aplica o disposto neste artigo nas hipóteses de erro passível de correção mediante carta de correção ou emissão de documento fiscal complementar.