Muito estranho essa situação!
De fato, a base de cálculo do ICMS importação é composta por esses tributos federais: IPI, II, PIS/COFINS, tá lá no artigo 13, V, da Lei Kandir.
Ocorre que nessa operação não teve esses tributos, não consta na DI (Declaração de Importação). No despacho aduaneiro a Receita Federal emite um documento chamado "extrato da declaração de importação" onde consta todos esses tributos, ora, se não tem tais tributos, então, a SEFAZ do Paraná não pode somar parcelas que não existem!
O que você está dizendo é que a própria SEFAZ calculou os tributos federais e adicionou na base de cálculo do ICMS importação!
No meu entendimento isso é um absurdo porque o Fisco Estadual está inventando uma base de cálculo.
Obs. Antes de qualquer procedimento, observe se a legislação tributária do Paraná autoriza tal base de cálculo. Se a resposta for sim, então, entre com uma ação judicial contra o Estado do Paraná; se a resposta for não, entre com uma ação fiscal contra o próprio servidor fazendário (pois é crime, Art. 316, §1º, Código Penal).