Rê Assis, realmente essa operação se torna apenas "simbólica".
Onde trabalho temos matriz e filial na mesma cidade, e é comum os fornecedores emitirem nota para Matriz que seria para filial, e vice-versa.
Quando isso acontece fazemos transferencia de uma para outra, e quando precisamos devolver fazemos essa 'manobra' fiscal.
Até onde sei uma nota de devolução deve ser emitida entre o mesmo fornecedor e cliente da nota original.
Portanto, fazemos como te expliquei, emitimos uma nota devolvendo a transferencia entre as filiais, e depois emitimos outra nota pelo mesmo CNPJ em que o fornecedor fez a venda.
Infelizmente ainda não conheço se existe alguma legislação que trate sobre esse tema, mas por enquanto esse é o caminho mais 'lógico' que sigo por aqui