1) Os Fiscos Estaduais autorizam o CT-e para os cadastrados como transportadoras, acredito que não é o seu caso!
2) O CT-e, conforme cláusula primeira, I, Ajuste Sinief nº 09/2007, é emitido em substituição ao Conhecimento de Transporte Rodoviário de Cargas, modelo 8 (e acredito que você também não emite esse documento fiscal modelo 8).
3) O ICMS incide sobre serviço de transporte de carga intermunicipal e interestadual e como é prestado por motocicleta, acredito que é apenas dentro do Município. Logo, não cabe falar em CT-e.
4) Caso emitisse o CT-e, obrigatoriamente, teria que emitir o MDF-e, conforme cláusula terceira, I, Ajuste Sinief nº 21/2010.
Obs. O fato é que no meu entendimento nenhum Fisco Estadual irá conceder uma inscrição estadual de transportadora para quem tem uma motocicleta, ou seja, no momento da concessão da inscrição estadual existe uma visita in loco e certamente não irá ser encontrado pelo servidor fazendário um espaço de transportadora (galpão, por exemplo) para alocar mercadorias e veículos de grande porte.
Um pedido dessa inscrição, certamente, seria negado!