situação financeira de nora de devolução

Bom dia.
Efetuei uma compra (valor R$ 1642,00), e o fenecedor me forneceu 1 items em desacordo. Resumindo, fiz uma nota de devolução (valor R$ 550,00).
Como fica o boleto referente a essa compra. Qual o correto a se fazer?

Eu pagar o valor integral e o fornecedor deixar esse valor de credito ou me devolver o valor.
OU
O fornecedor já abater esse valor de R$ 550,00 no boleto e eu já pago o valor correto de R$ 1092,00?

André, bom dia.

Isso é um acordo a ser feito entre as partes, ele pode de conceder um valor de desconto referente a devolução, deixar com crédito para compras futuras ou ainda reembolsar o valor (você paga o boleto integral e após ele devolve o valor da devolução).

Paula, isso é legal o fornecedor fazer a alteração do boleto, pois concorda que o fiscalmente o valor a ser pago é o integral?
Por que em meu sistema, com o pagamento do boleto com valor menor, eu NÃO consigo vincular a baixa desse pagamento pois o valor não bate.
Paguei 1092 sendo que minha divida segundo a nota do fornecedor é 1642.