Emissão de MDF-e

Boa tarde,

Tivemos a seguinte situação:

*Iniciamos um transporte com carregamento em Ribeirão Preto/SP com entrega final em Ariquemes/RO.
*No trajeto paramos em Brasília para fazer um novo carregamento, também com destino a Ariquemes/RO.
*O transporte das duas cargas foi feito pelo mesmo caminhão.
*Ao chegarmos em Brasília encerramos o MDF-e que acobertava o carregamento iniciado em Ribeirão Preto para podermos emitir um novo MDF-e que acobertou as duas cargas, já que foi informado no novo documento as duas notas fiscais e mencionado o MDF-e anterior.
*Quando chegamos no posto fiscal de fronteira de Alto Araguaia/MT, fomos autuados por estarmos com a documentação irregular.

As dúvidas são as seguintes:

1 - Como deve ser o procedimento de emissão de MDF-e quando houver carregamentos efetuados em localidades diferentes, porém com o descarregamento na mesma UF destino (já que não é possível emitir mais de um MDF-e na mesma placa para a mesma UF destino)?
2 - Com base nesta mesma operação, como devemos informas as UF de percurso?
3 - Alguém já foi autuado em MT na mesma situação? É possível solicitar a restituição da multa paga, se comprovado a correção do procedimento?

Se algum dos colegas tiver alguma base legal que esclareça, com certeza, como o procedimento de emissão do MDF-e deva ser emitido irá ser de grande ajuda. O manual do MDF-e não foi útil para resolvermos este caso.

Desde já eu agradeço.

As dúvidas são as seguintes:

1 - Como deve ser o procedimento de emissão de MDF-e quando houver carregamentos efetuados em localidades diferentes, porém com o descarregamento na mesma UF destino (já que não é possível emitir mais de um MDF-e na mesma placa para a mesma UF destino)?

RESP. Emitir um MDF-e de SP citando o CT-e (UF carregamento) para Rondônia (UF de descarregamento) colocando DF no percurso.
Quando colocar novas mercadorias no veículo (no DF) deverá encerrar o MDF-e conforme determina a cláusula décima quarta do Ajuste Sinief nº 21/2010.
Após colocar novas mercadorias no veículo no DF deverá emitir novo MDF-e conforme cláusula terceira, §1º, Ajuste Sinief nº 21/2010. Nesse MDF-e deverá citar o CT-e originário de SP e o novo CT-e com carga incluída no DF.

2 - Com base nesta mesma operação, como devemos informas as UF de percurso?

RESP. Deverá ser informada todas as Unidades Federadas do percurso, por exemplo, o DF é uma delas. O percurso deverá ser conhecido previamente e indicado no MDF-e.

3 - Alguém já foi autuado em MT na mesma situação?

RESP. Certamente, muitos foram autuados!

4) É possível solicitar a restituição da multa paga, se comprovado a correção do procedimento?

RESP. Deverá entrar com a impugnação, caso o auto de infração seja julgado improcedente, então, receberá o valor corrigido!
O relato do auto de infração indicará qual o erro cometido e de acordo com o relato saberá se o auto é procedente ou improcedente!