ICMS sobre frete

Bom dia,

Gostaria de saber qual a obrigatoriedade sobre pagamento do ICMS sobre o frete. Estou realizando um projeto em uma empresa que vende telhas e realiza distribuição por todo o Brasil através do frete tipo FOB. Em uma das unidades o funcionário desta empresa emite o DAE (ICMS sobre o frete) no site da Receita com base no peso da Nota Fiscal e entrega para o motorista pagar a guia e só depois da guia paga ele libera o caminhão; em outra unidade desta mesma empresa uma transportadora local emite as guias no valor de R$ 3,00 para todos os caminhões que vão para fora do Estado antes de emitir a Nota Fiscal.

Claramente há uma despadronização e gostaria de saber qual o procedimento correto, a empresa é co-responsável caso dê algum problema neste processo?

Pâmela, você não deu detalhes, não citou qual Estado, apenas fez a observação de forma genérica!
ICMS frete é simples, não tem nenhuma complicação, desde que informe com precisão o que está havendo (o serviço começou em outro Estado daquele da transportadora, é um autônomo, é uma transportadora do próprio Estado, etc.).

Você falou em telha (produto cerâmico) e caso esse serviço de transporte fosse prestado internamente (dentro do território do Ceará) não teria nem mesmo ICMS FRETE, caso fosse interestadual teríamos redução. Como visto, os Estados são autônomos com relação a forma de tributação, daí, variam entre eles.
No caso do Ceará (estou falando Ceará porque você não citou nenhum Estado onde começou o serviço de transporte), por exemplo, observe o que diz o artigo 7º da Instrução Normativa nº 61/2019 (que trata da base de cálculo e cobrança do ICMS FRETE):

"Art. 7º Relativamente à prestação de serviço de transporte rodoviário de cargas realizadas com os produtos cerâmicos de que trata a Instrução Normativa nº 31, de 20 de agosto de 2009, deverá ser observado o seguinte:
I - na prestação interna, considera-se incluso no valor da operação a importância correspondente ao frete, devendo constar no corpo do respectivo documento fiscal a expressão "FRETE INCLUÍDO NO PREÇO DA MERCADORIA";
II - na prestação interestadual, o valor correspondente ao ICMS deverá ser cobrado com base em 50% (cinquenta por cento) dos valores constantes no Anexo Único da Instrução Normativa nº 31, de 2009".

EM SÍNTESE: Frete é simples, agora, tem que oferecer detalhes de qual Estado, se é autônomo, enfim.