Quem deve emitir o mdf-e?

Boa noite, empresas A e B compram combustível, porem a carga de ambas é transportada no mesmo caminhão por uma empresa C, que não é transportadora, minha duvida é quem deve emitir o MDF-e? A empresa C constante na Nf-e como responsável pelo transporte, ou o destinatário da mercadoria? Sendo o destinatário, qual dos dois deve emitir, o A ou B?
(tudo dentro do mesmo estado.)

Como não tem transportadora e caso os destinatários sejam emitentes de NF-e e sejam os responsáveis pelo frete, então, o destinatário é o responsável pelo frete, conforme cláusula terceira, parágrafo sétimo, Ajuste Sinief 21/2010:

"Cláusula terceira O MDF-e deverá ser emitido:
I - pelo contribuinte emitente de CT-e, modelo 57, de que trata o Ajuste SINIEF 09/07, de 25 de outubro de 2007;
II - pelo contribuinte emitente de NF-e de que trata o Ajuste SINIEF 07/05, de 30 de setembro de 2005, no transporte de bens ou mercadorias realizado em veículos próprios ou arrendados, ou mediante contratação de transportador autônomo de cargas.
...
§ 7º Na hipótese estabelecida no inciso II desta Cláusula, a obrigatoriedade de emissão do MDF-e é do destinatário quando ele é o responsável pelo transporte e está credenciado a emitir NF-e.
...".

Boa tarde Jose Flavio, na NF-e o frete esta por conta do destinatário, e ambos(A e B) são sim emitentes de nf-e, sendo assim o destinatário é o responsável pela emissão do MDF-e, entendi direito? Devo emitir em qual dos dois? A ou B?

Entendeu direito sim!
Cada um deles emite-se o seu MDF-e respectivo, isso é comum chegar nos Estados mais de um MDF-e (aqui a responsabilidade é de cada um dos destinatários).
Caso fosse uma transportadora, então, emitiria apenas um, conforme cláusula terceira, §2º, Ajuste Sinief nº 21/2010.

Bom dia Flavio, eu ate pensei nesta possibilidade, porem imaginei que seria impossível, pois como é o mesmo caminhão, depois que eu fizesse o primeiro MDF-e quando fosse para o segundo daria erro dizendo que aquele veiculo (placa) já esta em transito.

É possível o que está afirmando, contudo, acredito que não pois é comum um caminhão com 1, 2, 3, 4 e até mais MDF-e no mesmo veículo!

Muito obrigado Flavio pela atenção, irei tentar fazer um para cada destinatário assim como você disse, mesmo ambos usando o mesmo veiculo, depois trarei o resultado, se deu certo.