Sucessão Empresarial - Efeitos Tributários

Boa tarde, Senhores!

Boa tarde, Senhores!
Sou de uma rede de Farmácias de 13 lojas, totalizando 180 filiais, e estamos estudando a SUCESSÃO EMPRESARIAL, para que as 13 lojas se tornem uma só com as mesmas 180 filiais.
Para tanto, gostaria de saber, nessa situação, onde numa noite sou X e no dia seguinte acordaremos como Y, onde não haverá circulação de mercadoria, como deverá ser feito a transferência de todo o estoque e ativos da empresa?
E neste caso não estamos falando de contas a pagar e a receber, pois os sócios, não sofrerão alteração, esperando assim, que se houver a necessidade de emissão de nota fiscal, que seja feito somente para fins fiscais e não financeiros.
Poderiam me ajudar??
Obrigada desde já.

Zenilda Caramuru