Prezado Rodrigo Bom dia,
A Nota fiscal Eletronica é uma forma de aumentar e facilitar, tanto o controle para as prefeituras como a prestação de contas por conta do contribuinte, nela a exemplo do que já era feito anteriormente, devem constar todas as informações, ou seja, todos os campos sem excessão devem ser preenchidos, e este campo mencionado por você, é o que informa a qualquer um que pegue o documento , a aliquota do serviço constante no campo "Natureza do Serviço".
Não tenho nenhuma informação que permita a prática mencionada pelo prestador de Serviço, até por isso, aconselho que se o pagamento não foi feito por você ainda, solicite a ele uma nova NF-e com todas as informações, para se resguardar no caso da visita de um Fiscal.
Espero ter ajudado.
Atenciosamente,
Anderson Luiz