Conhecimento de Transporte

Bom dia.

Eu tenho um cliente que emite o cte e ele é de São José dos Campos e ele tem um motorista que vai sair para fazer o transporte de cargas, mais o motorista está no Paraná. Ele pode emitir um Cte do Paraná com destino do Mato Grosso sem ter nenhum impedimento?

Como o prestador de serviço é de São Paulo (São José dos Campos) então o CT-e tem que ser emitido pelo seu cliente de São Paulo, ainda que o serviço esteja sendo iniciado em outro Estado (no caso, Paraná).
Dessa forma, seu cliente de São Paulo emite o CT-e (destaca o ICMS já que o manual de orientação do contribuinte do CT-e assim determina, versão 2.00 página 133 - MOC) e paga em separado o ICMS a favor da origem do serviço, a favor do Estado de origem que é o Paraná.
Assim, a resposta é sim, seu cliente pode emitir o CT-e do Paraná para Mato Grosso sem nenhum impedimento!