Entrada de mercadorias estoque via NF-e

Prezados,
Estou desenvolvendo um software ERP, estou trabalhando na entrada de mercadorias no estoque via NF-e. A tela a principio, estou considerando e obrigando ao usuário do sistema a ter a NF-e em mãos, caso contrário o mesmo não poderá dar entrada das mercadorias no estoque. Acredito que até esse momento o software está seguindo de forma correta, me corrijam se estou fazendo errado. Mas a dúvida mesmo, é a seguinte: Quando a empresa que utiliza meu software compra mercadorias de PF que não emita nota fiscal ela terá que emitir por conta própria correto? Depois que ela fez a nota fiscal e foi autorizada, ela ainda deverá da entrada das mercadorias no sistema? Eu estou meio confuso nessa parte!

Agradeço desde já!