1) Taini, a rigor a unidade comercial é a mesma coisa de unidade tributável, essa diferença se faz necessária apenas para fins de tributação!
O que ocorre é que, às vezes (perceba, às vezes) o Fisco tributa com base em pautas fiscais e diverge da unidade indicada na NF-e pelo fornecedor.
O exemplo clássico é o do refrigerante pet em que o Fisco tributa por unidade (R$ 0,25 por garrafa de 1l de refrigerante) enquanto o emitente da NF-e coloca como unidade de medida fardos com 6l (ou seja, fardo com 6 garrafas de 1l).
Diante disso, surge a questão de unidade comercial (fardo com 6l) e unidade tributável porque o Fisco tributá por litro (1l).
Atente, que se o Fisco tributasse por fardo não carecia dessa diferença, da mesma forma, se o emitente da NF-e indicasse a unidade de medida por 1l. Agora, a rigor são apenas unidades de medidas e a diferença se faz necessária em decorrência da pauta fiscal do Fisco.
2) O que a nota técnica 2016/001 está disciplinando é que no comércio exterior (exportação, no caso) a unidade tributável aceita são as indicadas por ela, do contrário, dará erro e a emissão da NF-e será rejeitada. Por exemplo, imagine que você coloque na NF-e uma unidade de medida em micrograma e não consta na relação, dará erro na emissão do documento fiscal.
Você poderá pegar a relação das unidades tributáveis da Nota Técnica 2016/001 no portal da NF-e. No portal clique em "documentos" e quando abrir a janela clique em "diversos". Nessa página, agora, clique em "tabela NCM e respectiva Utrib". Pronto, a relação é essa!
3) Diante disso, observe na NF-e emitida se a unidade de medida consta na relação da nota técnica 2016/001, se a resposta for sim, então o que a cláusula terceira do Convênio 84/2009 está dizendo é que deverá utilizar a mesma unidade de medida da NF-e do emitente.
Agora, imagine que a unidade de medida indicada pelo emitente não conste na relação da nota técnica 2016/001, nesse caso, terá que existir uma adaptação à nota técnica porque a nota técnica será rejeitada.
Obs. Houve apenas uma padronização de unidades de medidas a ser utilizada na NF-e pela nota técnica 2016/001 (chamada unidade tributável e no caso nem tributação tem nessa operação). Perceba, então, que a questão não tem nenhuma relação com unidade comercial e unidade tributável. Essa questão de unidade comercial e unidade tributável se resume ao exposto acima no item 1.