Observe que você tem dois negócios: supermercado e padaria - um dentro do outro, são atividades estranhas uma da outra.
Diante disso, entendo que deverá existir duas tributações sob a égide do Regulamento do ICMS da Bahia, uma tributação das mercadorias do supermercado e outra tributação dos produtos da padaria que funciona dentro do supermercado. O ideal é que solicite inscrições estaduais distintas para os negócios padaria e supermercado.
2) Oriento a leitura da questão 29 disponibilizada pela SEFAZ da Bahia a respeito da tributação dos produtos de padaria:
29. Qual a situação tributária para os produtos produzidos em padaria, tais como: pãozinho de queijo, bolos, sobremesas (pudim,
mousse, outros), lanches (pastel, banana real, sanduiche de queijo e presunto, dentre outros)?
Os produtos sujeitos ao regime de Substituição Tributária disciplinada no artigo 373, § 2º, do RICMS/BA, aprovado pelo Decreto n.º 13.780/2012, e especificados no Anexo I do mesmo diploma legal, são exclusivamente aqueles fabricados com farinha de trigo ou mistura de farinha de trigo, e descritos no referido dispositivo legal. Como exemplo as saídas de pão sonho, pãozinho recheado e pão de queijo, fabricados no estabelecimento do Contribuinte a partir da farinha de trigo ou sua mistura, estão desonerados de tributação.
Por outro lado, as saídas de bolos com recheio e cobertura, tortas de banana e chocolate, bolos com recheios diversos (nozes, passas frutas, outros), banana real e pastel de queijo com goiaba, devem ser tributadas normalmente, visto que, embora tais produtos sejam fabricados com farinha de trigo, em sua composição predominam outros insumos alimentícios; bem como outros produtos semelhantes, porém fabricados a partir de milho ou de outros cereais que não o trigo, não está incluído nesse regime de tributação.
O preparo de lanches e refeições por padarias, lanchonetes, bares e estabelecimentos afins, para comercialização direta
a consumidor final, caracteriza-se efetivamente como uma atividade comercial. Assim sendo, os produtos adquiridos pela Contribuinte para preparação dos lanches (a exemplo da carne moída, camarão, peito de peru, presuntos, filé de salmão, amido de milho, banana, entre outros) devem ser considerados como mercadorias destinadas à comercialização cuja tributação é normal, e não são considerados como matérias primas ou insumos industriais.