Farmácia de manipulação com Equipamento SAT com ISS

Boa tarde! Tenho um cliente que exerce a atividade de farmácia e manipulação e o mesmo implantou o sistema SAT para emissão de notas.
A empresa que instalou esse sistema SAT configurou os itens de revenda e também os de serviço de manipulação. Ficando assim:
5102 - e 5405 para revenda e 5933 para serviços iss.
A empresa alem do SAT emite notas fiscal de serviço eletronica para a prefeitura.
Gostaria de saber se há algum problema em esses valores referentes a manipulação, entrarem no sistema SAT?
Por exemplo bitributação ou algo parecido?
grato!

Boa Tarde
Quando se trata de farmácia de manipulação , tem que observar a seguinte situação.

1 - quando sob encomenda para entrega posterior ao adquirente, em caráter pessoal, mediante prescrições de profissionais habilitados ou indicação pelo farmacêutico, produzidos no próprio estabelecimento após o atendimento inicial; ou seja é tributada pelo ISS

2 - nos demais casos, tributadas pelo ICMS

Referente ao CF-e SAT, conforme o Artigo 31 da Portaria CAT 147 de 2012,

Na hipótese de o contribuinte obrigado a emitir CF-e-SAT exercer atividade sujeita à incidência do Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza - ISSQN, poderão ser utilizados os campos do CF-e-SAT relativos ao ISSQN, desde que a legislação municipal assim permita.

Portanto, consulte a legislação da administração tributária do seu município para verificar se há permissão.

Bom dia a todos,

Estou com duvidas de como emitir as notas fiscais ref. as vendas de manipulados,

sobre o que o colega acima mencionou, existem duas operações para a emissão de manipulados é isso?

1 - quando sob encomenda para entrega posterior ao adquirente, em caráter pessoal, mediante prescrições de profissionais habilitados ou indicação pelo farmacêutico, produzidos no próprio estabelecimento após o atendimento inicial; ou seja é tributada pelo ISS
neste caso aqui na minha cidade Piracicaba/SP a NFS-E é emitida a partir do CF-e, então a duvida é qual CFOP usar no cupom? 5.933 para a posterior emissão do ISS?

2 - nos demais casos, tributadas pelo ICMS
neste caso se enquadra os manipulados ja prontos na prateleira para comercialização é isso, ai neste caso entraria como revenda 5.102 ou 5.101, neste caso teria a incidencia da ST ? e dispensado a emissão do ISS?

a empresa é optante pelo simples nacional sobe o cnae 47.71-7-02 - Comércio varejista de produtos farmacêuticos, com manipulação de fórmulas
Grata!