Olá Jean Batista da Silva
Sua pergunta é bem pertinente.
Olha, vamos ao que orienta o Perguntas Frequentes da EFD ICMS/IPI:
17.5.1.2 - Quais valores devo informar no Registro 1600?
R = Deve ser informado o valor total das operações de vendas realizadas pelo declarante por meio de cartão de débito ou de crédito, discriminado por administradora excluídos os estornos, cancelamentos e outros recebimentos não vinculados à sua atividade operacional.
Temos duas situações:
1. Se deve ser informado o "valor total das operações de VENDAS", estaria excluído o Serviço.
2. Deve-se excluir, entre outros, "recebimentos não vinculados à sua atividade operacional". Pergunta: o serviço, está vinculado a sua atividade operacional? Se está, a resposta seria SIM.
Para dar mais credibilidade a sua pesquisa, sugiro que procure o Posto Fiscal para esclarecer.
Sim, pois no mesmo FAQ temos:
11.1.13 - Nota Conjugada
11.1.13.1 - Devemos informar dados da prestação de serviços constantes em nota fiscal conjugada?
R = Sim, mesmo que só haja serviço sujeito a ISSQN na nota fiscal conjugada, tanto em notas fiscais de entrada quanto em notas fiscais de saída. Tratar o serviço como um item do documento fiscal não tributado pelo ICMS.
11.1.14.1 - Devo informar as Notas Fiscais de Serviços ou NFS-e na EFD-ICMS/IPI?
R = Não. As Notas Fiscais de Serviços ou NFS-e autorizadas exclusivamente pelas prefeituras cujos serviços estão sujeitos ao ISSQN não devem ser escrituradas na EFD-ICMS/IPI.
Posso ter que, se o Serviço está em NF CONJULGADA, e recebo o valor por meio de cartão, devo informar essa venda no Registro 1600. Agora, se tenho uma venda por meio de NFS-e, aquelas emitidas por meio do site de Prefeituras, o recebimento dessas vendas com cartões, necessitam ser informadas, uma vez que nem serão informadas na EFD ICMS/IPI?
Eu, no seu lugar agora, definiria o tipo de serviço que estarei a praticar e de que forma o documento relacionado a ele é emitido (Nota Conjulgada, CF-e-SAT, NFS-e, Cupom Fiscal - ECF, etc). Com essa informação, questionaria a SEFAZ/SP, por meio do Fale Conosco mesmo.
Agora, será que seu Sistema conseguirá fazer essa suporta "separação"? Tem que se levantar essa hipótese também.