Vanessa, sei que vc é de São Paulo, mas apenas para clarear o raciocínio do assunto, caso essa indústria fosse estabelecida no Ceará teria razão pois o art. 439 do Regulamento do ICMS do Ceará deixa clara como se deve emitir a NF-e:
"Art. 439. O contribuinte substituído que devolver mercadoria cujo imposto tenha sido retido deverá emitir Nota Fiscal modelo 1 ou 1A, destacando o imposto de obrigação direta do remetente originário, somente para efeito de crédito deste.
§ 1º Na nota fiscal a que se refere o caput, deverá ser indicado o valor do ICMS retido, proporcional à devolução, que será deduzido pelo contribuinte substituto, em repasse futuro.
§ 2º Para que seja conferido o direito à dedução do imposto de que trata o parágrafo anterior, a nota fiscal de devolução, modelo 1 ou 1-A, deverá ser selada por ocasião da passagem das mercadorias no Posto Fiscal de fronteira deste Estado ou órgão que o substitua."
Obs. Coloquei o dispositivo do Ceará apenas para clarear o assunto e o que o industrial está solicitando é sensato! Procure um dispositivo semelhante na legislação de São Paulo.