Daniel, regra geral o contribuinte é o prestador de serviços, conforme art. 5º da LC 116/2003:
"Art. 5o Contribuinte é o prestador do serviço".
Então, poderia dizer de pronto que quem paga o ISS é o prestador de serviço estabelecido em Niterói
Ocorre que quando envolve Municípios diferentes entra a retenção do ISS, ou seja, alguém responsável pelo pagamento, diferente do contriuinte (art. 5º colado acima).
Assim, um bom indicador é ler na íntegra o artigo 3º da Lei Complementar nº 116/2003. Observe que o caput do artigo 3º diz que o ISS é devido no local do estabelecimento prestador (no caso, seria Niterói) ou na falta do estabelecimento, o imposto seria devido no local do domícilo do prestador (mais uma vez em Niterói). Contudo, tem as EXCEÇÕES EM QUE O ISS É DEVIDO EM OUTROS LOCAIS, LEIA OS INCISOS I A XXV DESSE ARTIGO 3º:
"Art. 3o O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXV, quando o imposto será devido no local:
...".
Obs. Assim, se a lei municipal do Rio de Janeiro respeitar o artigo 3º da LC 116/2003 a regra é essa, ou seja, se o serviço que está prestando não se encontra dentre os incisos I a XXV o ISS é devido em Niterói.