Boa noite!
Pode ter havido erro na emissão da nota ou provavelmente os Estados envolvidos na operação não são signatários de convênio ou protocolo e neste caso o fornecedor não tem a obrigação de recolher.
Como a mercadoria é da ST na operação interna, você deve escriturá-la no CFOP 2403.
Esta obrigação deve ser informada no registro C197, que tem por objetivo detalhar outras obrigações tributárias, ajustes e informações provenientes de documento fiscal. Além disso, os valores da ST lançados nos registros C197 devem ser lançados também no registro E210, onde será feito o somatório dessas obrigações.
Esta parte da EFD é um pouco mais complexa e sugiro que você dê uma lida no guia prático da EFD na parte dos registros citados acima e do registro E200 para um melhor entendimento do caso. Procure também junto ao seu Estado, a existência de alguma cartilha ou manual contendo as informações necessárias quanto ao código de ajuste que deverá utilizar.
O link para o guia prático da EFD é: http://sped.rfb.gov.br/arquivo/show/2761
Espero ter ajudado.
Att.